Из особеннстей растительного покрова следует отметить смещение вверх поясов растительности и доминирующую роль высокогорного пояса при меньшем участии лесов и степей. Нижняя граница леса на северных склонах начинается от 1400-1700 м, а на южных 1600-1800. Наблюдается самое высокое на территории предлагаемого парка положение верхней границы леса на высотах 2200-2450 м. По мере увеличения общей высоты горного сооружения и возрастания аридности климата, граница леса, по мнению И.М. Красноборова (1976), постоянно повышается.

Высокогорный пояс неоднороден по природным условиям и растительности, и занимает площадь примерно 40% территории парка, а лесной – 30%. К югу нарастает аридность климата и увеличивается степень расчлененности рельефа. В связи с этим меняются характер растительности и пространственное расположение растительных группировок. На территории парка с признаками гумидного климата отчетливо выделяется подгольцовый подпояс, который представлен комплексом высокотравных альпийских лугов с кедровыми редколесьями и зарослями субальпийских кустарников по переувлаженнным долинам рек и ручьев. К югу подгольцовый подпояс выклинивается, и горные тундры контактируют с лесами.

Высокогорная растительность развивается на всей исследуемой территории, где высоты достигают 2400-2900 м. Растительность здесь, как и в других поясах неоднородна. Они представлены тундрами, лугами, болотами, высокогорными степями, кустарниковой растительностью и растительностью скал и осыпей. Господствующее положение занимают тундры, а другие типы растительности развиты на незначительной территории.

На самых вершинах хребтов Шапшальский и Цаган-Шибету, Ак-Суг-Тайга широко распространены курумники и каменистые осыпи.   

Четко очерченной границы между поясами растительности провести сложно из-за разнообразия экологических условий в горах и связанной с этим пестроты растительности. На распределение растительности влияет крутизна и экспозиция склонов, количество осадков и их сток, грунтовое увлажнение и эдафические условия. Из-за пересеченности рельефа и температурных инверсий по долинам рек и ручьев фрагменты лесной и луговой растительности проникают далеко в пределы степного пояса, а степи по крутым южным склонам заходят в тундровый пояс.