Животный мир представляет собой, важную часть биосферы планеты и является ценным природным ресурсом Республики Тыва. Усиливающийся антропогенный пресс на животный мир не только в давно освоенных и обжитых человеком котловинах республики, но и в гораздо менее заселенных горно-таежных и горно-тундровых районах, выражающийся в увеличении потока туристов и охотников, делает необходимым расширении существующих и организацию новых территорий, имеющих статус особо охраняемых. Планируемый природный парк «Шуйский» послужит сохранению богатой и оригинальной фауны животных и птиц, сформировавшейся на стыке системы хребтов Алтая и Саян.

Животный мир на площади природного парка представлен земноводными, пресмыкающимися, птицами и млекопитающими, которые в соответствии с ландшафтным разнообразием территории парка подразделяются на обитателей степей (долинных и горных, развитых по каменистым склонам хребтов), горной тайги, высокогорной тундры и гольцово-нивального пояса и интразональных пойменных смешанных лесов долин наиболее крупных рек Барлык и Шуй и елово-лиственничных пойменных лесов их притоков. 

На территории кластерного участка «Шуйский» природного парка отмечено всего 52 вида млекопитающих, что составляет 64,2 % всей фауны Республики Тыва.  В систематическом плане териофауна  этого района представлена 6 отрядами: насекомоядные, рукокрылые, зайцеобразные, грызуны, хищные и копытные. Наиболее разнообразный видовой состав характерен для пойменных лесов долин рек Барлык и Шуй и их горных притоков, горной тайге и альпийских лугов и ерники, наиболее бедными в силу небогатой кормовой базы оказались степные участки в долинах рек, остепненные каменистые склоны гор и высокогорные тундровые ландшафты, а также высокогорный гляциально-нивальный пояс.